Toàn quyền là người đại diện cho chính phủ Pháp tại Đông Pháp, gồm các thuộc địa kể trên, và hành xử như một nguyên thủ, với các quyền hành và trách nhiệm như sau:

• Có quyền ban hành các sắc lệnh và đạo luật để cai trị, công bố thiết quân luật, giờ giới nghiêm,
• Có quyền ân xá các tội phạm bản xứ,
• Có quyền thiết lập ngân sách và phê chuẩn chi thu toàn cõi Đông Pháp,
• Có quyền sử dụng các lực lượng quân sự,
• Chịu trách nhiệm an ninh nội bộ và quốc phòng của khối Đông Pháp,
• Có quyền giải tán các hội đồng mọi cấp.[5]

Dưới quyền điều khiển của Toàn quyền, ngoài Thống đốc, Khâm sứ và Thống sứ, còn có các cơ quan hành chính như sau:

1. Hội đồng Tư vấn (Conseil privé), Hội đồng Đề hình (Commissions criminelles), Bắc kỳ và Trung kỳ Nhân dân Đại biểu viện (Chambre des représentants du peuple) và một Đại hội đồng Kinh tế và Tài chính Đông Dương (Grand Conseil des Intérêts économiques et financiers de l'Indochine),
2. Các tổng nha chuyên môn Đông Dương (Services généraux de l'Indochine): Nha Học chính, Nha Tài chính, Nha Kinh tế vụ, Nha Canh nông, Nha Công chính, Nha Bưu chính, Nha Thương chính,
3. Quân đội,
4. Sở Hiến binh (Gendarmerie) và
5. Sở Mật thám Đông Dương (Direction des Affairs politiques et de la Sureté générale).[6]